Правило Линдемана (КПД конверсии сахара в тело, kEff) — раньше 100% полученного углерода шло прямо в биомассу гриба; теперь только kEff=0.5 (после экспериментов с 0.1, которое оказалось слишком жёстким и всё вымерло).
Прямая цена протонной помпы (kProtonCost=5.0) — выброс H⁺ теперь не бесплатный побочный эффект майнинга, а прямой вычет сахара из бюджета роста гриба.
Химический замок алюминия (pHChemicalLock) — майнинг P падает не только при высоком pH, но и при экстремально низком (< 4) — реалистичная блокировка фосфора алюминием/железом в кислой среде.
Радиационный замок кроны Торнли-Бугера — самое важное структурное изменение: фотосинтез больше не линеен по массе дерева, а насыщается по формуле PSmax·(1 − exp(−k·W_plant)) — это честный аналог индекса листовой поверхности (LAI) и закона Бугера-Ламберта-Бера для поглощения света ярусами кроны. Без этого дерево улетало в 10²⁰ кг.
Гладкие сигмоиды вместо If — это, справедливости ради, чисто вольфрамовская проблема (символьный решатель не любит разрывные условия на старте), в Python это не нужно, там If/условия работают нормально в численном RHS.

Основные выявленные проблемы
Ошибка в регистре символов
Проблема: опечатка в названии функции NstechiometricLock (маленькая буква l вместо большой L)
Последствия: система не могла найти функцию при вычислениях
Решение: исправление регистра буквы в названии функции
Отсутствие прямой связи
Проблема: функции майнинга не были корректно связаны с уравнениями роста
Последствия: неограниченный рост биомассы несмотря на ограничения
Решение: внедрение стехиометрического ограничителя непосредственно в уравнения динамики
Некорректная работа замков
Проблема: отсутствие учета внутренних ограничений по элементам
Последствия: нереалистичный рост организмов при дефиците элементов
Решение: внедрение стехиометрических ограничений на основе закона минимума Либиха
Методы решения
Внедрение стехиометрических ограничений
Добавление функции capacityLock для ограничения массы организмов
Внедрение growthFactor для учета доступности элементов
Корректировка математических формул
Добавление pHChemicalLock для учета влияния кислотности
Пересмотр функций майнинга с учетом новых ограничений
Оптимизация структуры модели
Разделение функций на логические блоки
Устранение циклических зависимостей в уравнениях
Результаты внедрения исправлений
Улучшение точности модели
Реалистичное воспроизведение динамики роста организмов
Корректный учет доступности элементов
Стабильная работа численного решателя
Повышение надежности
Устранение критических ошибок в вычислениях
Обеспечение корректной работы всех компонентов модели
Повышение стабильности численного решения