Объектом налогообложения НДС является реализация товаров, работ, услуг на территории РФ, а также передача имущественных прав, включая безвозмездную передачу товаров, безвозмездное выполнение работ, оказание услуг. При этом налогоплательщик имеет право уменьшить исчисленную сумму НДС на налоговые вычеты при выполнении определенных условий.

Однако в случае заключения государственного/муниципального контракта, по которому оплата товаров, работ или услуг осуществляется за счет бюджетных средств, учреждение не вправе заявить налоговые вычеты в силу норм пунктов 2 и 2.1 статьи 170 Налогового кодекса, в том числе при перечислении предоплаты. Поэтому по недействительному контракту учреждению не придется восстанавливать НДС.

Если бюджетным/автономным учреждением по договору на приобретение товаров, работ или услуг в рамках приносящей доход деятельности для облагаемых НДС операций "входной" НДС был принят к вычету, то при признании договора недействительным учреждению-покуателю необходимо восстановить принятую к вычету сумму налога. Суммы НДС восстанавливаются покупателем в том налоговом периоде, в котором произошло изменение условий либо расторжение соответствующего договора и возврат соответствующих сумм оплаты, частичной оплаты покупателю.